Náklady na provoz e-obchodu se skládají z několika částí:
Ve většině případů se pro e-obchod zřizuje nové doménové jméno (případně několik doménových jmen mířících do jednoho místa). Platba za doménové jméno se skládá ze dvou částí – jednorázový registrační poplatek a roční platba. Obě platby se nyní pohybují v řádu stokorun.
Pro provoz obchodu je třeba mít vytvořen nebo zakoupen software obchodu a zabezpečen hosting, na kterém e-obchod poběží. Zde jsou opět počáteční platby (nákup e-obchodu, výběr hostingu) a roční poplatky. Počáteční nákup se může pohybovat v jednotkách až desítkách tisíc – podle rozsáhlosti e-obchodu. Roční poplatky bývají nižší, ovšem stále se pohybují v tisících korun.
Provozovatel e-obchodu se ve valné většině případů nespokojí s grafickou prezentací tak, jak ji dodává tvůrce software. K dalším nákladům je proto nutno připočítat cenu vlastního grafického návrhu a jeho implementaci.
K dalším výdajům je potřeba připočítat náklady na provoz e-obchodu (údržba dat – zboží a jeho cen), organizaci dodání zboží, vedení účetnictví.
Samostatnou, ale velmi důležitou položkou je propagace. Propagace e-obchodu je výdaj, který může obrat vašeho podnikání zvýšit v řádu desítek až stovek procent. Její význam, zejména při rozjezdu e-obchodu, je nesporný. Do nákladů propagace patří nejen pronájem reklamních bannerů na jiných místech Internetu (zákaznické portály, zpravodajské servery atd.), případně reklama mimo Internet, ale i pořádání různých zákaznických akcí a soutěží uvnitř e-obchodu.